Une équipe du CHU de Nantes, avec l’Inserm et l’AP-HP, a identifié une nouvelle piste prometteuse contre l’antibiorésistance, qui cristallise aujourd’hui les préoccupations sanitaires mondiales. Leur étude, menée chez 143 patients traités par antibiotique, montre que certains gènes naturellement présents dans notre microbiote intestinal pourraient aider à empêcher l’installation de bactéries multirésistantes. Explication.
Les antibiotiques sauvent des millions de vies chaque année. Mais à force d’être utilisés, parfois trop, parfois mal, ils finissent aussi par perdre de leur efficacité. Certaines bactéries apprennent à leur résister. Des infections autrefois simples deviennent alors plus difficiles à traiter. L’OMS considère désormais l’antibiorésistance comme l’une des principales menaces sanitaires mondiales.
En France aussi, le sujet inquiète. Selon Santé publique France, plusieurs milliers de décès sont associés chaque année à des infections dues à des bactéries résistantes aux antibiotiques. Et dans les hôpitaux, certaines bactéries dites « multirésistantes » compliquent de plus en plus les prises en charge médicales.
C’est précisément en cherchant à mieux comprendre ce qui se passe dans notre intestin après une prise d’antibiotiques que des chercheurs du CHU de Nantes ont fait une découverte inattendue. Leurs travaux suggèrent que certaines bactéries naturellement présentes dans notre microbiote intestinal pourraient, dans certains cas, empêcher l’installation de bactéries multirésistantes beaucoup plus dangereuses.
Quand les antibiotiques fragilisent le microbiote
Souvent appelé « flore intestinale », le microbiote regroupe des milliards de bactéries, virus et champignons vivant naturellement dans notre tube digestif. Ce petit monde invisible influe sur la digestion, l’immunité, la protection contre certains microbes… C’est une sorte d’écosystème de défense.
Problème, les antibiotiques ne font pas toujours le tri entre les « mauvaises » bactéries et les bonnes. Lorsqu’une personne prend un antibiotique puissant, une partie du microbiote peut être profondément perturbée.
C’est précisément ce qu’ont étudié les chercheurs nantais dans le cadre de l’étude ARCMI, menée avec l’Inserm et l’Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP). Les scientifiques se sont intéressés à 143 patients hospitalisés ayant reçu de la ceftriaxone, un antibiotique très utilisé notamment pour traiter certaines infections pulmonaires, urinaires ou abdominales.
Après traitement, le microbiote intestinal des patients s’appauvrit fortement. Certaines bactéries utiles disparaissent ou deviennent beaucoup moins nombreuses. Cet affaiblissement ouvre alors une sorte de « fenêtre de vulnérabilité » pendant laquelle des bactéries multirésistantes peuvent plus facilement coloniser l’intestin.
Une découverte paradoxale autour des gènes de résistance
Les chercheurs ont observé que certains patients semblaient mieux protégés contre cette colonisation par des bactéries dangereuses. Leur microbiote possédait déjà certains gènes de résistance aux antibiotiques.
À première vue, cela paraît contre-intuitif. Habituellement, les gènes de résistance sont justement perçus comme le cœur du problème de l’antibiorésistance. Ce sont eux qui permettent aux bactéries de survivre malgré les traitements. Pourtant, dans ce cas précis, certaines bactéries « ordinaires » du microbiote, déjà porteuses de ces gènes, pourraient continuer à survivre après le traitement antibiotique et ainsi empêcher l’installation de bactéries beaucoup plus dangereuses.
Autrement dit, certaines bactéries résistantes « inoffensives » pourraient parfois faire barrage à d’autres bactéries multirésistantes plus problématiques.
Le microbiote, nouveau terrain stratégique contre l’antibiorésistance
Depuis quelques années, le microbiote intestinal est devenu un immense champ de recherche médicale. Des études explorent déjà son rôle dans l’obésité, les maladies inflammatoires, certains cancers, la santé mentale ou encore l’immunité.
Dans le domaine des infections, les chercheurs cherchent désormais à comprendre comment préserver cet équilibre fragile pendant les traitements antibiotiques. Car aujourd’hui, lorsqu’un antibiotique est administré, les conséquences sur le microbiote peuvent durer plusieurs semaines, voire plusieurs mois. Selon l’Inserm, cette perturbation peut favoriser l’émergence de bactéries résistantes ou d’infections opportunistes, comme certaines diarrhées sévères causées par Clostridioides difficile.
L’idée serait donc, à terme, de développer des approches plus personnalisées :
- choisir des antibiotiques moins agressifs pour le microbiote ;
- mieux identifier les patients à risque ;
- ou encore protéger certaines bactéries intestinales utiles pendant les traitements.
Certaines pistes existent déjà. Des équipes travaillent par exemple sur des probiotiques de nouvelle génération ou sur des transplantations de microbiote fécal, une technique consistant à réintroduire des bactéries intestinales saines chez certains patients.
Antibiorésistance : une menace sanitaire mondiale qui continue de progresser
Selon l’OMS, l’antibiorésistance fait partie des dix principales menaces pour la santé mondiale. L’agence estime que si rien ne change, les bactéries résistantes pourraient provoquer des millions de décès supplémentaires dans le monde dans les prochaines décennies.
L’enjeu dépasse largement les seules infections. Toute la médecine moderne repose sur des antibiotiques efficaces. Sans eux, de nombreux soins deviennent beaucoup plus risqués :
- les chirurgies lourdes ;
- les chimiothérapies contre le cancer ;
- les greffes d’organes ;
- les réanimations ;
- ou même certaines infections urinaires ou pulmonaires courantes.
Car ces traitements fragilisent souvent l’organisme et exposent davantage aux infections bactériennes. En Europe, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) estime que les bactéries résistantes sont responsables de plus de 35 000 décès par an. En France, Santé publique France rappelle régulièrement que l’usage des antibiotiques reste encore trop important, notamment pour des infections où ils sont inutiles, comme certaines maladies virales.
Autre inquiétude majeure : très peu de nouveaux antibiotiques sont développés aujourd’hui. La recherche avance lentement, les coûts sont énormes et de nombreux laboratoires pharmaceutiques se désengagent progressivement du secteur.
À SAVOIR
Les antibiotiques ne servent à rien contre les virus. Prendre des antibiotiques contre une grippe, un rhume ou la plupart des angines virales n’accélère donc pas la guérison… mais favorise en revanche l’apparition de bactéries résistantes. Selon Santé publique France, près d’une prescription antibiotique sur deux serait encore inutile ou inadaptée dans certaines situations en médecine de ville.
