Depuis l’été 2026, on entendait surtout parler de ce virus dans les élevages․ Fièvre, diarrhées et baisse de la production de lait avaient permis d’identifier le virus Shamonda chez des bovins un peu partout en France. Jusqu’à présent, rien ne laissait penser qu’il pouvait infecter les humains․
Erreur ! Dans un communiqué, les autorités sanitaires françaises viennent d’annoncer ce jeudi 22 octobre 2026 le premier cas humain d’infection par le virus Shamonda․ Le patient, très immunodéprimé et hospitalisé aux Hospices civils de Lyon pour une maladie grave, est décédé début octobre․
Les complications cérébrales observées avant sa mort seraient très probablement liées à cette infection․ Malgré cette découverte, aucun risque sanitaire pour la population générale n’a été identifié… pour l’instant․ C’est du moins le sens du message adressé par le ministère de l’agriculture. “Au regard des connaissances disponibles sur ce virus, aucun risque sanitaire pour la population n’est identifié à ce jour“, précise le communiqué
Un virus animal connu depuis les années 1960
D’abord, un peu d’histoire-géo. Jusqu’alors connu principalement dans le monde animal, Shamonda aurait été détecté pour la première fois en Europe en 2026, marquant une nouvelle étape dans sa circulation géographique.
Les analyses génétiques ont montré qu’il existe désormais deux lignées européennes distinctes, appelées Shamonda Europe 1 (SHAV-EU1) et Shamonda Europe 2 (SHAV-EU2)․
La première circule surtout dans l’est de la France, tandis que la seconde se trouve plutôt à l’ouest du pays․ Pour l’instant, aucune différence clinique claire entre les deux n’a été observée․
Pourquoi le virus Shamonda s’est-il autant propagé ?
Les premières enquêtes en France ont démarré après que, au début de l’été, des élevages laitiers ont commencé à présenter les signes de : diarrhées sévères, fièvre, fatigue et une grosse chute de la production de lait․
Ensuite, la propagation a été rapide : au 16 octobre, des cas avaient été confirmés dans 53 départements français․ Plusieurs pays européens comme l’Allemagne, la Suisse, la Belgique, l’Espagne, l’Italie, les Pays-Bas ou le Portugal avaient aussi repéré le virus․
Que sait-on du premier cas humain ?
A Lyon, le patient admis aux Hospices civils de Lyon pour une maladie grave présentait un système immunitaire très affaibli, avec des défenses particulièrement basses․ Agé d’une soixantaine d’années, originaire de l’Ain, bien connu en Calade, il est décédé début octobre․ Pour l’instant, les autorités ne confirment pas que son décès soit directement lié au virus Shamnda․
En revanche, les premières investigations montrent que les troubles cérébraux qu’il a subis avant de mourir seraient très probablement dus à cette infection. Les médecins cherchent encore à comprendre précisément comment il a été contaminé.
La piste la plus plausible pour le moment est une piqûre de Culicides dans l’est de la France. Une région où le virus avait circulé chez les animaux au printemps et durant l’été 2026․ Ce cas est d’autant plus surprenant que, bien que le Shamnda circule depuis plusieurs décennies en Afrique et en Asie, aucune infection humaine n’avait été détectée jusqu’à présent․
Une urgence, remonter la chaîne de transmission
Jusqu’ici, on pensait même que ce virus ne pouvait pas se transmettre à l’homme․ Mais il est encore trop tôt pour tirer des conclusions, un seul cas ayant été identifié, dans un contexte médical très particulier․
“C’est un fait qu’il s’agit du premier cas dans le monde de transmission du virus Shamonda à l’homme, virus jusqu’alors retrouvé uniquement chez les bovins. Maintenant, il ne faut pas tirer de conclusions hâtives et attendre une exploration épidémiologique plus poussée pour déterminer avec certitude la causalité du décès sur un patient déjà très fragilisé. Il sera surtout essentiel de remonter la chaîne de transmission afin de s’assurer qu’il n’y a pas de risque d’autres contaminations à l’homme en fonction de l’environnement de la victime. Cela passe par une collaboration active avec le monde vétérinaire“, explique le Pr Philippe Vanhems, professeur d’épidémiologie et de santé publique aux Hospices Civils de Lyon.
Notamment, ce manque de recul ne permet pas de savoir à quoi ressemblerait une infection chez une personne en bonne santé ni si d’autres cas humains ont pu passer inaperçus․ Les recherches cliniques, biologiques et épidémiologiques se poursuivent avec une approche One Health « Une seule santé », qui fait le lien entre santé humaine, animale et environnementale․
Comment le virus se transmet-il ?
Chez les animaux, le virus Shamonda ne se transmet pas par les voies respiratoires, mais principalement par la piqûre de petits moucherons du genre Culicoides. Ces insectes participent également à la propagation de la fièvre catarrhale ovine et de la maladie hémorragique épizootique.
Lorsqu’un moucheron pique un animal infecté, il peut absorber le virus avec le sang, puis le transmettre à un autre animal lors d’une piqûre ultérieure. La transmission directe entre animaux n’a pas été clairement démontrée. En revanche, un passage de la mère au fœtus pendant la gestation est possible.
Concernant le premier cas humain rapporté, une piqûre de Culicoides est également envisagée comme origine de l’infection, sans que cette voie de contamination soit confirmée.
Quels sont les animaux touchés ?
Les bovins restent les principaux hôtes identifiés․ Chez les adultes, l’infection provoque surtout un épisode temporaire avec diarrhée, fièvre, perte d’appétit, fatigue et parfois une baisse assez marquée de la production de lait․ Le problème change un peu pendant la gestation․ Comme avec le virus de Schmallenberg, une infection chez la mère peut toucher le fœtus․
Des malformations congénitales ont déjà été observées chez des agneaux en France, notamment des déformations des membres et de la mâchoire․ On a aussi détecté des infections chez des équidés․ Certains chevaux ont montré des signes neurologiques, même si le lien exact entre le virus et tous ces symptômes est encore en cours d’étude․
Face au virus Shamonda, la prévention avant tout
À ce jour, aucun vaccin ni traitement antiviral spécifique n’existe contre le virus Shamonda․ La gestion repose principalement sur des mesures préventives et organisationnelles au niveau des élevages․ Les recommandations insistent sur la protection des troupeaux contre les moucherons. Autres conseils, le renforcement des pratiques de biosécurité, la gestion adéquate des effluents et des litières afin de limiter les lieux de reproduction des Culicoides, ainsi que la consultation rapide d’un vétérinaire dès l’apparition de symptômes aigus․
Sur le plan réglementaire, ce virus n’est pas (encore ?) classé comme maladie réglementée au sein de l’Union européenne et ne figure pas non plus parmi celles listées par l’Organisation mondiale de la santé animale (WOAH)․ Par conséquent, aucune mesure officielle de surveillance ou de lutte n’est imposée aux éleveurs. Ce qui explique que ce sujet soit principalement pris en charge par les organismes sanitaires professionnels tels que GDS France․ Mais les dernières informations en provenance de Lyon et le spectre d’une nouvelle zoonose pourraient rapidement changer cette approche scientifique…
À SAVOIR
Découvert pour la première fois chez des bovins au Nigeria en 1965, le virus Shamonda tient son nom de la région où les premiers échantillons ont été prélevés․ Longtemps considéré comme strictement animal, cet orthobunyavirus transmis par les moucherons Culicoides a été détecté chez un humain pour la première fois en France en octobre 2026.
