La circulation du Covid-19 repart en France à l’automne 2025, notamment avec l’arrivée du variant Frankenstein. Mais certaines régions sont plus affectées que d’autres. Où le virus frappe-t-il le plus ? Et pourquoi ? On fait le point.
Les premiers frimas s’installent, et avec eux, les virus respiratoires refont surface. Comme chaque année depuis 2020, le Covid-19 s’invite à nouveau dans l’actualité sanitaire française.
Selon les dernières données de Santé publique France et du réseau Sentinelles-Inserm, la circulation du virus s’intensifie légèrement depuis la mi-septembre 2025. Rien d’alarmant pour l’instant, les indicateurs nationaux restent à un niveau « modéré », mais la tendance est bien à la hausse.
Entre le 6 et le 12 octobre 2025, l’incidence des infections respiratoires aiguës (IRA) observées en médecine générale (catégorie qui inclut le Covid-19) est estimée à 260 cas pour 100 000 habitants, contre 210 la semaine précédente. Dans cette même période, le taux attribuable spécifiquement au Covid-19 est évalué à 43 cas pour 100 000 habitants, selon les estimations du réseau Sentinelles.
Autrement dit, le virus circule de nouveau, sans provoquer pour l’heure de tension majeure dans les hôpitaux. Les services d’urgences ont recensé un peu plus de 2 000 passages liés au Covid-19 durant la première semaine d’octobre, soit environ 0,6 % de l’ensemble des passages, selon le système de surveillance OSCOUR de Santé publique France.
Reprise du Covid-19 : un automne sous surveillance
La Nouvelle-Aquitaine en tête des régions les plus touchées en ce moment
D’après le bulletin hebdomadaire du réseau Sentinelles, c’est la Nouvelle-Aquitaine qui présente actuellement l’activité la plus élevée pour les infections respiratoires aiguës avec 390 cas pour 100 000 habitants. Elle devance la Bretagne (344 cas/100 000) et le Grand Est (343 cas/100 000).
Ces trois régions se distinguent par une dynamique épidémique plus soutenue depuis la fin septembre. Les médecins généralistes y observent une augmentation sensible des consultations pour toux, fièvre, fatigue et symptômes respiratoires, parfois liés au SARS-CoV-2, parfois à d’autres virus comme le rhinovirus.
À l’inverse, des régions comme l’Île-de-France ou l’Auvergne-Rhône-Alpes affichent pour l’instant une activité plus contenue, avec respectivement 227 et 253 cas pour 100 000 habitants.
Cette hétérogénéité régionale n’a rien d’inédit. Les vagues de Covid ont toujours présenté une diffusion en taches d’huile, avec des pics locaux avant la propagation nationale. Les facteurs locaux (densité de population, climat, habitudes de mobilité ou couverture vaccinale) peuvent accentuer ces différences.
Pourquoi certaines régions sont-elles plus exposées en ce moment ?
La Nouvelle-Aquitaine, particulièrement touchée cette année, combine plusieurs caractéristiques défavorables. D’une part, une population relativement âgée dans certains départements ruraux (comme la Charente ou la Dordogne), ce qui peut accroître le recours aux soins en cas de symptômes respiratoires.
D’autre part, le calendrier de vaccination est plus hétérogène. Selon les données de l’Assurance maladie, le taux de rappel vaccinal anti-Covid chez les plus de 65 ans y reste légèrement inférieur à la moyenne nationale.
S’ajoute à cela la circulation de nouveaux sous-variants d’Omicron, dont certains regroupés sous la lignée XFG (Frankenstein), en progression depuis la fin de l’été. Ces souches n’apparaissent pas plus virulentes, mais elles semblent légèrement plus transmissibles, selon les analyses de l’Institut Pasteur publiées le 1ᵉʳ octobre 2025.
Enfin, le relâchement des gestes barrières joue un rôle évident. Moins de port du masque, faible aération des espaces clos et reprise des activités en intérieur favorisent les contaminations, notamment dans les établissements scolaires et les transports publics.
Une reprise modérée, mais à suivre de près
Si la situation reste sous contrôle, les autorités sanitaires surveillent attentivement cette reprise automnale. Santé publique France évoque « une circulation virale en augmentation lente mais continue » et recommande la prudence, surtout chez les personnes à risque.
Depuis le 14 octobre 2025, la campagne de vaccination conjointe contre la grippe et le Covid-19 a officiellement démarré en métropole. Les personnes âgées de plus de 65 ans, les femmes enceintes, les personnes immunodéprimées et les professionnels de santé sont invités à recevoir un rappel vaccinal.
Cette vaccination automnale est jugée essentielle pour limiter les formes graves et désengorger les hôpitaux pendant l’hiver. « La protection contre le Covid-19 diminue progressivement après six mois ; un rappel avant l’hiver permet de réactiver efficacement la réponse immunitaire », a rappelé le Pr Bruno Lina, virologue au CHU de Lyon, lors d’une conférence de presse du ministère de la Santé le 9 octobre 2025.
Reprise du Covid : des gestes simples pour garder une longueur d’avance
Même si la pandémie n’est plus au cœur des préoccupations, les experts rappellent que le Covid-19 n’a pas disparu. Porter un masque en cas de symptômes, aérer les lieux clos, se laver les mains régulièrement ou tester avant de voir une personne vulnérable restent des réflexes utiles.
En cas de fièvre ou de toux persistante, il est recommandé de consulter son médecin traitant et de s’isoler si le test est positif. Les traitements antiviraux sont toujours disponibles sur prescription pour les patients à risque, et pris à temps, ils permettent de réduire la probabilité d’évolution vers une forme sévère.
À SAVOIR
Selon Santé publique France, le Covid-19 représente actuellement environ 10 % des virus respiratoires détectés en laboratoire, loin derrière le rhinovirus, dominant en ce début d’automne 2025.
