
De plus en plus fréquente en France, la naissance par césarienne pourrait influencer durablement le microbiote intestinal. Des travaux récents, notamment chez l’animal, suggèrent un lien avec certaines maladies digestives. Faut-il s’inquiéter ? Le point.
En France, près d’un accouchement sur cinq se fait aujourd’hui par césarienne, selon la Drees (Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques). Une intervention souvent vitale, parfois programmée, qui sauve des vies chaque jour.
Mais depuis quelques années, les chercheurs s’intéressent à ses effets à plus long terme, notamment sur le microbiote intestinal.
Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes, principalement des bactéries, qui vivent dans notre intestin. Il joue un rôle clé dans la digestion, l’immunité et même certaines fonctions métaboliques. Or, sa mise en place débute dès la naissance et c’est là que le mode d’accouchement entre en jeu.
Des chercheurs de l’INRAE ont récemment exploré, chez la souris, les conséquences d’une naissance par césarienne sur le microbiote et la santé intestinale à l’âge adulte. Leurs résultats suggèrent un effet différencié selon le sexe, avec une vulnérabilité accrue aux troubles intestinaux chez les mâles.
Césarienne ou voie basse : deux débuts microbiens différents
Lors d’un accouchement par voie basse, le nouveau-né est exposé aux bactéries vaginales et intestinales de sa mère. Ces premières rencontres microbiennes participent à la colonisation de son microbiote.
À l’inverse, en cas de césarienne, ce contact est limité. Le bébé est davantage exposé aux bactéries présentes sur la peau et dans l’environnement hospitalier.
Cette différence initiale peut entraîner une composition du microbiote distincte dans les premiers mois de vie. Certaines études humaines ont ainsi montré une moindre diversité bactérienne chez les nourrissons nés par césarienne, un élément souvent associé à un système immunitaire moins stimulé.
Naître par césarienne augmente-t-il le risque de troubles intestinaux ?
Chez la souris, des effets durables… et différents selon le sexe
Des chercheurs de l’INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement) se sont penchés sur la question à travers un modèle animal. Les scientifiques ont comparé des souris nées par voie naturelle et d’autres nées par césarienne.
Dès la naissance, toutes présentent des différences de microbiote et de réponse immunitaire. Rien de très surprenant jusque-là. Mais en grandissant, les effets divergent selon le sexe.
Chez les souris mâles nées par césarienne, les chercheurs observent à l’âge adulte :
- une altération de la barrière intestinale (cette fine couche qui protège l’organisme des agressions extérieures),
- une réponse immunitaire modifiée,
- et une sensibilité importantes aux inflammations intestinales, notamment aux colites.
Chez les femelles, en revanche, ces effets sont nettement moins marqués, voire absents.
Un effet différent selon le sexe : une piste encore mystérieuse
Pourquoi les mâles seraient-ils plus sensibles que les femelles ? La question reste ouverte.
Les chercheurs évoquent plusieurs hypothèses :
- l’influence des hormones sexuelles sur le microbiote et l’immunité,
- des différences génétiques,
- ou encore des interactions complexes entre microbiote, système immunitaire et métabolisme.
Selon l’INRAE (2024), ces résultats soulignent surtout l’importance de prendre en compte le sexe dans les études sur le microbiote, un paramètre encore trop souvent négligé.
Pourquoi le microbiote influence-t-il la santé intestinale ?
Le microbiote aide l’organisme à distinguer les “bons” microbes des agents pathogènes et participe à la régulation de l’inflammation. Un microbiote déséquilibré, qu’on appelle dysbiose, peut entraîner :
- une inflammation chronique de bas grade,
- une fragilisation de la barrière intestinale,
- et un risque accru de maladies digestives.
Ce type de déséquilibre est impliqué dans plusieurs pathologies, comme les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), qui regroupent notamment la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique.
ces résultats sont-ils transposables à l’être humain ?
Ces résultats sont-ils transposables à l’être humain ?
Les études chez l’animal permettent de comprendre des mécanismes biologiques, mais elles ne reflètent pas toujours la complexité humaine. Chez l’humain, les facteurs qui influencent le microbiote sont nombreux :
- l’alimentation (allaitement ou lait infantile),
- l’environnement,
- les traitements médicaux (notamment les antibiotiques),
- le mode de vie.
Certaines études épidémiologiques ont néanmoins suggéré des associations entre naissance par césarienne et risque légèrement accru de certaines pathologies, comme l’asthme, l’obésité ou les allergies. Mais selon l’OMS, ces liens restent modestes et multifactoriels.
À SAVOIR
Lors d’une césarienne, des antibiotiques sont systématiquement administrés à la mère pour prévenir les infections post-opératoires.







