Certains médicaments continueraient de modifier notre flore intestinale plusieurs années après leur arrêt. Une étude européenne révèle que ces traitements pourraient laisser une empreinte durable sur le microbiote, soulevant de nouvelles questions sur notre santé digestive et mentale.
Des antidépresseurs, des bêta-bloquants, des anxiolytiques, ou encore les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) utilisés contre les reflux gastriques… Tous ces médicaments laissent une trace dans notre intestin.
C’est le constat d’une étude menée sur plus de 2 500 Estoniens, publiée dans la revue de l’American Society for Microbiology. Les chercheurs de l’Université de Tartu y montrent que 42 % des 186 médicaments étudiés continuent d’influencer la composition du microbiote plus de trois ans après l’arrêt du traitement.
Cette étude, l’une des plus vastes à ce jour, vient confirmer ce que la recherche soupçonnait déjà : notre microbiote, véritable organe invisible, garde la mémoire de ce que nous avalons.
Quels sont les effets à long terme des médicaments sur nos organismes ?
Médicaments : des effets comparables à ceux des antibiotiques
Jusqu’ici, seuls les antibiotiques étaient connus pour perturber profondément la flore intestinale. Mais les chercheurs estoniens ont constaté que d’autres familles de médicaments, en particulier les benzodiazépines (comme le Xanax ou le Valium), modifiaient aussi la diversité bactérienne.
Même des molécules a priori “neutres” sur le plan digestif, comme les bêta-bloquants, montrent des traces d’impact à long terme.
L’un des exemples les plus frappants concerne les IPP. Ces médicaments, pris par des millions de Français chaque année pour lutter contre les brûlures d’estomac, favorisent la présence de bactéries normalement limitées à la bouche, comme Streptococcus parasanguinis ou Veillonella parvula, dans l’intestin. Un phénomène baptisé “oralisation du microbiote”, déjà décrit dans plusieurs publications de la revue Gut.
Le microbiote, un équilibre fragile
Le microbiote intestinal, composé de plus de 100 000 milliards de micro-organismes, est essentiel à la digestion, à l’immunité et même à la régulation de l’humeur. En France, l’Inserm rappelle qu’un déséquilibre de cette flore, appelé dysbiose, peut favoriser des pathologies comme l’obésité, le diabète ou certaines maladies inflammatoires chroniques de l’intestin.
Or, selon les chercheurs de Tartu, plus une personne a consommé de médicaments au cours de sa vie, plus son microbiote semble altéré. Ces modifications “empreintes” pourraient interférer avec le lien entre microbiote et maladies chroniques, si l’on ne tient pas compte de l’historique médicamenteux des patients.
En France, une vigilance grandissante
Aucun travail d’une telle ampleur n’a encore été réalisé dans l’Hexagone, mais les chercheurs du projet Le French Gut, piloté par l’Inrae et l’AP-HP, s’intéressent de près à la question. Ce programme vise à cartographier le microbiote de 100 000 Français pour mieux comprendre l’impact de notre mode de vie, de notre alimentation et de nos traitements sur la flore intestinale.
Ces données pourraient bientôt aider à mieux cibler les prescriptions et à envisager des stratégies pour restaurer le microbiote après certains traitements. Car s’il ne faut pas diaboliser les médicaments, il devient crucial de mieux mesurer leurs effets “cachés”.
Effets à long terme des médicaments : un nouveau regard sur nos traitements
Les auteurs de l’étude appellent à la prudence. Il n’est évidemment pas question de renoncer à des médicaments nécessaires. Mais leurs conclusions ouvrent la voie à une médecine plus personnalisée, qui tiendrait compte du microbiote dans la prescription et le suivi des traitements.
« Les effets persistants des médicaments pourraient expliquer certaines différences de réponse d’un patient à l’autre », souligne le professeur Oliver Aasmets, coordinateur de l’étude. Comprendre cette interaction bidirectionnelle (le médicament influence le microbiote, qui lui-même influence la façon dont le médicament agit) devient une priorité.
À SAVOIR
Une étude menée par Lisa Maier au European Molecular Biology Laboratory (EMBL) a révélé que jusqu’à 70 % des médicaments non antibiotiques peuvent influencer la croissance d’au moins une bactérie du microbiote intestinal. Même des traitements courants (antidépresseurs, anti-inflammatoires ou antihypertenseurs) modifient ainsi l’équilibre microbien.
