Pourquoi les arrêts maladie explosent depuis 2019 ?

Pourquoi les arrêts maladie explosent-ils en France ? Derrière les chiffres froids, il y a des vies bouleversées : des salariés à bout de souffle, des entreprises désorganisées, et une Sécurité sociale qui voit ses dépenses déraper.

On parle volontiers du stress, de la charge mentale, du vieillissement de la population active. Mais rarement d’un autre facteur, pourtant incontournable : le Covid. Car la pandémie n’a pas seulement rempli les services de réanimation entre 2020 et 2022, elle a aussi laissé une trace durable dans les corps et les esprits.

Fatigue chronique, essoufflement, brouillard cérébral, douleurs persistantes : autant de symptômes regroupés sous le terme de Covid long. Or ce phénomène reste encore sous-évalué dans les bilans officiels, alors même qu’il pourrait expliquer une part non négligeable de l’absentéisme qui frappe aujourd’hui le monde du travail.

Une explosion des arrêts maladie 

Depuis 2019, les arrêts de travail ont connu une hausse fulgurante :

• Selon la Drees, la proportion de salariés ayant eu au moins un arrêt indemnisé est passée de 25 % en 2010 à 28 % en 2023.
• Dans le secteur privé, l’absentéisme global a progressé de 41 % entre 2019 et 2024, atteignant 4,5 % en 2024, un record.
• La durée moyenne des arrêts augmente aussi : 23,3 jours en 2024, contre 21,8 en 2023.

Un phénomène qui inquiète jusqu’au ministère de la Santé, confronté à une explosion des dépenses d’indemnités journalières. La Cour des comptes rappelle que les IJ sont passées de 7,7 milliards d’euros en 2017 à 12 milliards en 2022 (+56 %).

Mais alors, pourquoi cette hausse d’arrêts ? 

Des causes multiples, mais pas toujours bien hiérarchisées

Plusieurs explications reviennent dans les rapports et baromètres :

• Vieillissement de la population active : les salariés de plus de 55 ans sont plus exposés aux arrêts longs.
• Intensification du travail : productivité accrue, pénibilité persistante dans certains métiers.
• Troubles psychologiques : devenus la première cause d’arrêt de longue durée selon le Baromètre Absentéisme Malakoff Humanis 2025. Chez les moins de 30 ans, 22 % des arrêts sont liés à des troubles anxieux ou dépressifs, contre 16 % en 2019.

Ces facteurs sont réels. Mais ils masquent une part d’ombre : le Covid et ses séquelles, rarement mentionnés dans les bilans officiels.

Le Covid long : une pathologie persistante mais invisibilisée

La Haute Autorité de Santé (HAS) estime qu’environ 10 % des personnes infectées par le SARS-CoV-2 souffrent de symptômes persistants au-delà de trois mois, parfois plus d’un an.

Les manifestations du Covid long sont multiples :

• fatigue extrême,
• troubles respiratoires,
• brouillard cérébral,
• douleurs musculaires ou neuropathiques,
• atteintes cardio-vasculaires ou neurologiques.

Ces séquelles concernent toutes les tranches d’âge, y compris des jeunes sans comorbidités. Les femmes sont proportionnellement plus touchées, en particulier après 40 ans.

Le problème majeur, souligné par la Cour des comptes, est que les arrêts maladie liés au Covid sont mal codés et sous-déclarés : la moitié des arrêts seulement mentionnent explicitement la cause Covid. Résultat : son impact réel sur l’absentéisme est largement sous-estimé.

Chaque réinfection augmente le risque

Autre fait établi par la littérature scientifique : chaque réinfection au Covid augmente le risque de développer un Covid long ou des séquelles plus lourdes. Selon une méta-analyse publiée dans Nature Medicine, les patients réinfectés présentaient un risque accru de complications cardiovasculaires, respiratoires et neurologiques.

Autrement dit, plus un salarié est exposé à des réinfections, plus la probabilité d’un arrêt long grimpe.

Un coût humain et économique sous-estimé

Le Covid long a un double coût :

1. Humain, avec des millions de personnes durablement affectées dans leur vie quotidienne et professionnelle.
2. Économique, avec des arrêts longs et répétés, une baisse de productivité et des dépenses sociales exponentielles.

Pourtant, aucune affection de longue durée (ALD) spécifique n’a encore été créée pour le Covid long. Les malades doivent composer avec un parcours de soins complexe, des reconnaissances limitées, et des dispositifs d’indemnisation inadaptés.

Pourquoi le Covid reste l’angle mort de l’absentéisme

Plusieurs explications à cette invisibilisation :

• Sous-déclaration médicale : le diagnostic de Covid long reste délicat, faute de biomarqueurs spécifiques.
• Statistiques incomplètes : l’Assurance maladie n’isole pas toujours les arrêts liés au Covid dans ses bases.
• Question politique : reconnaître le rôle du Covid long reviendrait à admettre une charge sanitaire et financière durable de la pandémie.

Et après : les pistes avancées par les experts et associations

• Créer une ALD Covid long, pour garantir un suivi médical et une prise en charge adaptée.
• Améliorer la traçabilité statistique des arrêts liés au Covid.
• Sensibiliser les médecins et lancer une campagne nationale d’information sur les séquelles post-Covid.
• Mettre en place des parcours de soins pluridisciplinaires, associant médecins généralistes, spécialistes, rééducateurs, psychologues.

C’est l’appel porté par l’association AprèsJ20 Covid Long France, qui regroupe des patients et familles directement concernés.

À SAVOIR

D’après Santé publique France, la prévalence du Covid long chez les adultes en France est estimée à 4 %, soit environ 2,1 millions de personnes concernées.